1936 yılında Deutsch ve kendisi gibi Avusturya’yı temsil edecek olan Yahudi arkadaşları Ruth Langer ve Lucy Goldman Berlin Olimpiyatları’nı boykot etme kararı almıştı. Deutsch Avusturya Olimpik Komitesine yazdığı mektupta şöyle diyordu:
“…Karşı çıkıyorum. Bir Yahudi olarak Belin Olimpiyatları’na katılmam mümkün değil. Vicdanım buna engel oluyor. Bu kararım, tamamen kişisel bir karardır ve başkalarının bu kararıma karşı çıkmaya hakkı olmadığını düşünüyorum. Berlin Olimpiyatları’nda Avusturya’yı temsil etme hak ve prestijinden feragat ettiğimin farkındayım. Umut ediyorum ki siz de kararımın gerekçelerini anlayışla karşılayacaksınız ve beni kararımı değiştirmem için ikna etmeye çalışmayacaksınız.”
Bu kararının ardından tüm ulusal ve uluslararası müsabakalara katılma hakkı elinden alınan Deutsch, ailesiyle birlikte İsrail’de olimpik yüzme havuzu bulunan tek şehir olan Hayfa’ya yerleşmişti. Deutsch İsrail şampiyonu olduğu 1939 yılında Hebrew Üniversitesi’ni 1939 Dünya Üniversiteler Şampiyonası’nda temsil etti. Madalyasını kazandığı güden bir sonraki gün İkinci Dünya Savaş başladı. Bu gümüş madalya, Deutsch’un İsrail adına kazanmış olduğu tek madalya olmuştur.
Deutsch, aliya yaptıktan sonra Avusturya Yüzme Federasyonu kendisinin kazanmış olduğu bütün şampiyonlukları ve kırmış olduğu rekorları kayıtlardan çıkardı. 1995 yılında zamanın Maccabi Müzesi müdürü Rivka Rabinowitz, Avusturya Yüzme Federasyonu Başkanlığına zamanında alınmış olan bu kararın yanlışlığı ile ilgili bir mektup yazmıştır. Başkan Otmar Bricks ise, zamanında alınmış olan kararın yüz kızartıcı olduğunu ve kendisi için hala bir utanç kaynağı olduğunu açıkça belirtmişti.
Bricks ayrıca Deutsch’ı Avusturya’ya davet etmiş ve şampiyonluklarının ve rekorlarının yeniden kayıta geçirileceği bir tören yapacağını açıklamıştı. Deutsch bu daveti reddetmiş ve şu açıklamayı yapmıştı: “Kimse bana başarılarımın kayıtlardan silindiğine ilişkin bir bilgi vermedi. Yeniden kayıtlara gireceğimi öğrenene kadar bu durumdan haberim bile yoktu. Beni bir kere attılar. Bana başarılarımı ve hak ettiğim saygıyı geri vermek istiyorlarsa bunu İsrail’e gelip yapmaları gerekecek.”
1995 yılı Haziran ayında, İsrail’deki Avusturya Konsolosu Dr. Herbert Karol, Avusturya Meclis Başkanından gelen özür mektubunu basın önünde okumuştu. Meclis Başkanı yazmış olduğu mektupta bu özür için çok geç kalınmış olduğunu fakat geç gelen özrün, hiç dilememekten daha doğru olduğuna inandığını belirtmişti. Buna karşılık Deutsch, bu özrün mutlulukla kabul edildiğini ve 60 sene önce yapmış oldukları için hiçbir pişmanlık duymadığını belirtmişti. Bundan sonra Deutsch’ın kazanmış olduğu bütün madalya ve rekorlar yeniden kayıtlara geçirildi.
Judith Deutsch 1936 Olimpiyatlarını boykot eden diğer Yahudi Atletlerle birlikte Yahudi Sporları Hall of Fame’ine dahil edilmişti.
